Las funciones de estos tres oficiales reales eran reglamentadas por la cédula instrucción promulgada por Juana la Loca el 17 de febrero de 1531. En la cédula se precisaba que los oficiales reales estaban en la obligación de depositar en un arca "todo el oro y las perlas que... pertenecieran al Rey". El arca tenía tres llaves con tres cerraduras diferentes, correspondiendo a cada oficial una de las llaves. Se advertía que nadie podía sacar "ningún oro, ni perla, ni moneda" del arca sin la concurrencia y presencia de los tres oficiales reales. De esa manera se evitaba el fraude y el manejo doloso. Los oficiales reales, además, llevaban en un libro las cuentas por separado las cuales eran trasladadas posteriormente a un libro común y general. Y nada podía colocarse o extraerse del arca si antes no se registraba en el susodicho libro, a presencia del gobernador. Existía otro libro intitulado Libro de Acuerdos, donde se asentaba todo lo tocante a Hacienda que acordaran los oficiales reales. El libro permanecía en poder del tesorero. Como puede observarse, al unísono de las tres llaves, había tres libros; el particular de cada uno de los oficiales reales, el Común y General y el Libro de Acuerdos. Estaba totalmente prohibido a los oficiales reales (el tesorero, el contador y el factor y veedor), en tiempo alguno tratar o contratar por sí o en compañía de otros "con maravedís ni otras cosas", directa ni indirectamente, en público o en secreto, so pena de incurrir en la multa de cien mil maravedís por cada vez que lo hicieren. Tampoco podían cambiar de residencia sin una licencia especial, y cuando tuvieren necesidad de ausentarse del pueblo debía ser por causa justa, necesaria y aprobada por la justicia. Se ordenaba un tanteo general de las cuentas semestralmente, y los oficiales reales debían enviar el resultado a la corte en el primer navío que zarpara con destino a España. El cuño con el cual se marcaba el oro tenía que depositarse en el arca de las tres llaves, y para sacarlo se requería la presencia y el consentimiento pleno de los tres oficiales reales. Se recomendaba que en el acta debía permanecer un libro copiador de oficios, donde se anotaba la correspondencia enviada por la corte y las respuestas a esos despachos. La Real Cédula del 17 de febrero de 1531 constituye el documento revelador del esmero y la vigilancia de España en el control y manejo de la administración de sus posesiones de ultramar. Es, en realidad, el antecedente histórico, con sus obvias diferencias, de lo que hoy es y representa la Contraloría General de la República. De allí, precisamente, el símbolo de las tres llaves.

La prensa, la radio y los mítines se encargaron de familiarizar a los venezolanos con dos expresiones hasta ese momento poco menos que desconocidas: democratización y vigilancia en el uso de los fondos públicos. El 21 de febrero de 1936, López Contreras presentó un programa de gobierno llamado "programa de Febrero" que prometía un régimen de legalidad donde la ley sea respetada por ciudadanos y funcionarios; el manejo escrupuloso de los fondos públicos y el perfeccionamiento de los sistemas de fiscalización; líneas que anticipan la creación de la Contraloría General de la República.

Sin embargo, las actividades propiamente dichas no se iniciaron sino 3 meses más tarde, el día 17 de octubre de 1938, bajo la conducción del doctor Gumersindo Torres Millet, primer Contralor General de la Nación. La Ley de Hacienda de 1938 da al nuevo organismo contralor una organización similar a la de la Contaduría General de Hacienda de 1918, al reafirmar la existencia de la Sala de Examen y de la Sala de Centralización y crea la Sala de Control) y un Departamento Jurídico, estructura vigente hasta 1975. La Contraloría venezolana adquirió rango constitucional a partir de la promulgación de la nueva Constitución de los Estados Unidos de Venezuela del 5 de julio de 1947, pues se incluyen por primera vez en un texto constitucional venezolano, las normas referentes a la Contraloría General de la Nación. Esto fue ratificado en la Constitución Nacional del 23 de enero de 1961, donde además se instituyó la denominación de Contraloría General de la República, la cual se mantiene en la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela aprobada en 1999. En esta última se fortaleció la autonomía funcional y organizativa de la Contraloría General al pasar a formar parte del Poder Ciudadano, conjuntamente con el Ministerio Público y la Defensoría del Pueblo. Desde su creación la Contraloría General ha sido regida por tres leyes orgánicas: Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, publicada en la Gaceta Oficial Nº 1.712 Ext. del 06 de enero de 1975, la cual amplió sus potestades al establecer la valoración de la eficacia administrativa, tipificar las sanciones y otorgar valor probatorio a las actuaciones de la contraloría, salvo sentencia judicial contraria. Esta ley fue modificada en diciembre de 1984 para fortalecer el proceso de averiguaciones administrativas y delegar la potestad de abrir y sustanciar averiguaciones a los órganos de control interno de la administración. Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, publicada en la Gaceta Oficial Nº 5.017 Ext. del 13 de diciembre de 1995, que fortaleció su autonomía presupuestaria (el proyecto de presupuesto lo examinaba y aprobaba el Congreso de la República) y delegaba a la Administración las competencias de control previo, contabilidad fiscal, centralización contable y registro de empleados públicos, ejercidas por la Contraloría desde su creación. Ley Orgánica de la Contraloría General de la República y del Sistema Nacional de Control Fiscal, publicada en la Gaceta Oficial Nº 37.347 del 17 de diciembre de 2001, mediante la cual se estableció la rectoría del Sistema Nacional de Control Fiscal, definiendo el Sistema de Control Interno y los responsables de su funcionamiento, facultando al contralor para establecer la forma, oportunidad y el órgano de control fiscal ante el cual rinden cuenta los órganos y entes de la administración pública, los concursos públicos para designar a los titulares de los órganos de control fiscal, la competencia de estos órganos para imponer multas; estableciendo un procedimiento único para la determinación de responsabilidades, los supuestos generadores de responsabilidad administrativa, la competencia del Contralor para imponer suspensión del cargo sin goce de sueldo, inhabilitación para la función pública y la posibilidad de exigir la presentación periódica de la Declaración Jurada de Patrimonio. Además da competencia a la Contraloría para desarrollar acciones que faciliten la participación ciudadana en el control de la gestión pública.